国家保存体系建立了符合业界标准的工作流程和运行管理机制：

1. 保存权益管理：建立符合法律要求和覆盖长期保存及合作保存全过程的权利与义务体系，建立具有法律约束力和可操作性的权益管理制度及其执行流程。

2. 存档流程管理：遵循长期保存系统设计国际标准（ISO 14721:2003），对数据摄入、数据保存、数据存取、存储管理和保存管理等整个存档流程进行全流程管理。

3. 保存系统管理：遵循国际上关于可信赖保存技术系统的标准，保证这个技术系统能高效经济地支持长期保存服务的可靠运行。

4. 备份与继承保存管理：按照可信赖要求，提供多层面的不同级别的备份策略和方法，有力保障系统备份的可用性、有效性和恢复时效性。

5. 标准化审计与认证管理：遵循可信赖仓储认证标准（ISO 16363）等国际可信赖标准的指标体系，建立多方参与的数字文献资源长期保存可信赖性公共检验机制。

6. 公共服务管理：根据国际通行的长期保存公共服务可信赖性标准，按照可靠公共服务所遵循的最佳实践和最佳机制予以管理。

7. 合作化经济投入机制：根据国家保存体系示范系统建设实践，基于合作化的多元投入建立稳定健康的长期保存经济投入机制，保证长期保存模式经济上合理高效、经费成本核算科学清晰、经费投入可靠纳入常规经费并有效执行，经济运行得到持续评估并做出积极应对。